Năm 2016, Ban Quản lý Khu kinh tế Vân Phong đã có nhiều cải tiến trong việc thực hiện công tác cải cách hành chính, trong đó chất lượng giải quyết thủ tục hành chính cho các tổ chức, cá nhân luôn được chú trọng nhằm nâng cao sự hài lòng của khách hàng; tuy nhiên, kết quả Chỉ số mức độ hài lòng của Ban đạt 75.97%, qua đó vẫn còn những mặt tồn tại, hạn chế trong công tác phục vụ công dân.

Ngày 11/3/2017, UBND tỉnh Khánh Hòa đã có buổi làm việc và đưa đoàn công tác của Chính phủ do Phó Thủ tướng Chính phủ Trương Hòa Bình dẫn đầu khảo sát khu vực phía Bắc Khu kinh tế Vân Phong để nghiên cứu xây dựng Đề án đặc khu hành chính - kinh tế Bắc Vân Phong.

Thực hiện Hướng dẫn số 10004/BKHĐT-TĐKT ngày 12/12/2013 của Bộ Kế hoạch và Đầu tư về tổ chức, hoạt động của Khối, Cụm, Vùng, nhóm thi đua ngành kế hoạch, đầu tư và thống kê; các văn bản liên quan của Cụm thi đua Ban Quản lý các KCN, KCX, KKT Duyên hải miền Trung (gọi tắt là Cụm thi đua)
Ngày 14/01/2017, tại Khu công nghiệp Suối Dầu, Công đoàn các KCN và KKT tổ chức chương trình “Tết sum vầy 2017” và trao quà tết cho những công nhân không về quê ăn tết, công nhân bị tai nạn lao động, bệnh nghề nghiệp, bệnh nan y và công nhân bị thiệt hại do mưa lũ. Tham dự có đồng chí Nguyễn Tấn Tuân - Phó Bí thư Thường trực Tỉnh ủy, Chủ tịch HĐND; Liên đoàn Lao động tỉnh; Ban Quản lý Khu kinh tế Vân Phong.
Ngày 18/11/2016, Chính phủ ban hành Nghị định số 155/2016/NĐ-CP về xử phạt vi phạm hành chính trong lĩnh vực bảo vệ môi trường. Nghị định có hiệu lực thi hành kể từ ngày 01/02/2017 và thay thế cho Nghị định số 179/2013/NĐ-CP ngày 14/11/2013.
Thực hiện chỉ đạo của UBND tỉnh tại Kế hoạch số 10316/KH-UBND ngày 22/12/2016 về việc triển khai thực hiện Chỉ thị số 26/CT-TTg ngày 05/9/2016 của Thủ tướng Chính phủ về tăng cường kỷ luật, kỷ cương trong các cơ quan hành chính nhà nước các cấp; Ban Quản lý Khu kinh tế Vân Phong đã ban hành Kế hoạch số 02/KH-KKT ngày 06/01/2017 triển khai thực hiện Chỉ thị 26/CT-TTg và Kế hoạch số 03/KH-KKT ngày 06/01/2017 thực hiện tăng cường kỷ luật, kỷ cương hành chính tại cơ quan.