Năm 2016, Ban Quản lý Khu kinh tế Vân Phong đã có nhiều cải tiến trong việc thực hiện công tác cải cách hành chính, trong đó chất lượng giải quyết thủ tục hành chính cho các tổ chức, cá nhân luôn được chú trọng nhằm nâng cao sự hài lòng của khách hàng; tuy nhiên, kết quả Chỉ số mức độ hài lòng của Ban đạt 75.97%, qua đó vẫn còn những mặt tồn tại, hạn chế trong công tác phục vụ công dân.

Ngày 11/3/2017, UBND tỉnh Khánh Hòa đã có buổi làm việc và đưa đoàn công tác của Chính phủ do Phó Thủ tướng Chính phủ Trương Hòa Bình dẫn đầu khảo sát khu vực phía Bắc Khu kinh tế Vân Phong để nghiên cứu xây dựng Đề án đặc khu hành chính - kinh tế Bắc Vân Phong.

Thực hiện Hướng dẫn số 10004/BKHĐT-TĐKT ngày 12/12/2013 của Bộ Kế hoạch và Đầu tư về tổ chức, hoạt động của Khối, Cụm, Vùng, nhóm thi đua ngành kế hoạch, đầu tư và thống kê; các văn bản liên quan của Cụm thi đua Ban Quản lý các KCN, KCX, KKT Duyên hải miền Trung (gọi tắt là Cụm thi đua)
Ngày 14/01/2017, tại Khu công nghiệp Suối Dầu, Công đoàn các KCN và KKT tổ chức chương trình “Tết sum vầy 2017” và trao quà tết cho những công nhân không về quê ăn tết, công nhân bị tai nạn lao động, bệnh nghề nghiệp, bệnh nan y và công nhân bị thiệt hại do mưa lũ. Tham dự có đồng chí Nguyễn Tấn Tuân - Phó Bí thư Thường trực Tỉnh ủy, Chủ tịch HĐND; Liên đoàn Lao động tỉnh; Ban Quản lý Khu kinh tế Vân Phong.
Thực hiện chỉ đạo của UBND tỉnh tại Kế hoạch số 10316/KH-UBND ngày 22/12/2016 về việc triển khai thực hiện Chỉ thị số 26/CT-TTg ngày 05/9/2016 của Thủ tướng Chính phủ về tăng cường kỷ luật, kỷ cương trong các cơ quan hành chính nhà nước các cấp; Ban Quản lý Khu kinh tế Vân Phong đã ban hành Kế hoạch số 02/KH-KKT ngày 06/01/2017 triển khai thực hiện Chỉ thị 26/CT-TTg và Kế hoạch số 03/KH-KKT ngày 06/01/2017 thực hiện tăng cường kỷ luật, kỷ cương hành chính tại cơ quan.
Thực hiện Luật Xây dựng 2014, Nghị định số 59/2015/NĐ-CP ngày 18/6/2015 của Chính phủ về quản lý dự án đầu tư xây dựng, Thông tư số 16/2016/TT-BXD ngày 30/6/2016 của Bộ Xây dựng Hướng dẫn thực hiện một số Điều của Nghị định số 59/2015/NĐ-CP ngày 18/6/2015 của Chính phủ về hình thức tổ chức quản lý dự án đầu tư xây dựng; Ban Quản lý Khu kinh tế Vân Phong đã thực hiện các thủ tục liên quan và trình UBND tỉnh ban hành Quyết định số 2708/QĐ-UBND  ngày 13/9/2016 về việc thành lập Ban Quản lý dự án hạ tầng khu kinh tế và Khu công nghiệp (viết tắt là BQLDA) trực thuộc Ban Quản lý Khu kinh tế Vân Phong.
Ngày 30/11/2016, UBND tỉnh Khánh Hòa tổ chức Hội nghị đối thoại doanh nghiệp lần 2 năm 2016. Chủ trì hội nghị gồm các ông: Trần Sơn Hải - Phó Chủ tịch Thường trực UBND tỉnh; Đào Công Thiên - Phó Chủ tịch UBND tỉnh. Với sự tham dự của các sở, ban ngành, UBND các huyện, thị xã, thành phố, Hiệp hội các doanh nghiệp, Văn phòng đại diện Phòng thương mại và công nghiệp Việt Nam tại Khánh Hòa và đại diện của gần 200 Doanh nghiệp trên địa bàn tỉnh.
Hiện nay, nhiều dự án tại khu vực Nam Vân Phong đang được các cấp, ngành và chủ đầu tư tập trung đẩy nhanh tiến độ.
       Ngày 27/10/2016, BHXH Khánh Hòa phối hợp với Liên đoàn Lao động tỉnh và Sở Lao động Thương binh&Xã hội tỉnh tổ chức Hội nghị đối thoại chính sách BHXH, BHYT cho các đối tượng là lãnh đạo doanh nghiệp, cán bộ phụ trách công tác BHXH, cán bộ công đoàn các doanh nghiệp tại khu công nghiệp Suối Dầu thuộc huyện Cam Lâm, tỉnh Khánh Hòa.
Ngày 27/10/2016, Ban Quản lý Khu kinh tế Vân Phong đã đưa đại diện của tập đoàn N&M Commodities (Australia) đi khảo sát và tham quan khu vực phía Bắc Khu kinh tế Vân Phong.